El Grupo de Cartografía tiene la misión de garantizar la confección de los mapas geológicos a diferentes escalas como una forma de contribuir a elevar el conocimiento geológico del país.
El Grupo de Paleontología tiene la misión de desarrollar investigaciones propias sobre la fauna fósil de Cuba y de otros lugares y con ello rescatar y reorganizar las colecciones del Museo “Mario Sánchez Roig” de modo que constituyan un medio de investigación y realizar los estudios paleontológicos de las muestras procedentes de investigaciones geológicas de empresas e instituciones del país y de los proyectos y servicios científico-técnicos que se efectúen en el IGP, para determinar la edad y condiciones paleogeográficas de deposición de las mismas.
El Grupo de Geología Ambiental tiene la misión de aplicar los conocimientos geológicos a los componentes y problemas relacionados con el medio ambiente, incluyendo los peligros, vulnerabilidades y riesgos derivados de desastres naturales, así como sus métodos de estudio, con el objetivo de aumentar y cumplimentar el conocimiento medioambiental del país y contribuir a lograr el desarrollo sustentable.
El Grupo de Geoprocesamiento tiene la misión de desarrollar el Sistema para el manejo de la Información Geológica Espacial Digital (SIGEOL) garantizando la disponibilidad y acceso a datos espaciales con la información organizada e integrada, para el aseguramiento a los proyecto de investigación geológica, la distribución, la modelación, el análisis y la toma de decisiones a todos los niveles. Disponer productos compuestos y personalizados, conservando y desarrollando las normas de organización y representación gráfica de los objetos geológicos, para lograr la interoperabilidad entre sistemas.
La misión del Grupo de Yacimientos Minerales y Pronóstico es profundizar y ampliar el conocimiento sobre los recursos minerales sólidos del país, su metalogenia y mineragenia. Realizar estudios que posibiliten acciones conducentes a la asimilación por la industria nacional de los recursos minerales del país y promover oportunidades de desarrollo de los mismos en beneficio de la sociedad.
El Grupo de Geología Regional tiene la misión de generar investigaciones tectónicas, estructurales y estratigráficas propias e integradas con otras entidades nacionales e internacionales en respuesta a las necesidades de la sociedad.
El Grupo de Petrografía y Mineralogía tiene la misión de garantizar el desarrollo de las especialidades de mineralogía y petrología, de dirigir, ejecutar y controlar las investigaciones sobre minerales y rocas para contribuir a su conocimiento y así promover el desarrollo sostenible de los recursos naturales no renovables y el aprovechamiento racional de los mismos.
La misión de la Unidad de Aseguramiento de la Actividad Geológica es realizar la asesoría, orientación metodológica, control financiero y de calidad de los trabajos geológicos en el país. Desarrollar la investigación, evaluación y entrega de recursos minerales a nivel nacional.
La misión del Grupo de Geofísica es desarrollar las investigaciones geofísicas regionales y locales; los diferentes métodos que la integran, la prestación de servicios científicos-técnicos; la introducción de nuevas técnicas y la capacitación, para el desarrollo de las investigaciones geológicas en la prospección de recursos minerales con el fin de incrementar el desarrollo económico del país.
La Dirección de Recursos Humanos tiene la misión de diseñar un sistema de organización y control para ejecutar la política laboral, salarial, de seguridad y salud del trabajo, seguridad social, capacitación y evaluación del desempeño de los trabajadores en todo el centro. Garantizar a través de la superación individual el desarrollo y la formación del Recurso Humano, así como, mantener actualizados a los especialistas y técnicos de la actividad en lo relacionado con la legislación laboral vigente.